Cliffhanger e nuova area: L'episodio inizia con l'esplorazione di una nuova zona, che si collega direttamente al livello inferiore delle Miniere. C'è un potenziamento importante da trovare, il giocatore esplora le zone radioattive con attenzione.

La tuta antiradiazioni: Samus trova la Tuta Fazon, che la protegge dalle radiazioni. Questa tuta la rende pronta ad affrontare i pericoli delle miniere, dove i pirati sono molto più potenti.

Combattimento con pirati Omega: Samus affronta nemici sempre più difficili, inclusi i pirati Omega, i quali sono potenziati grazie all'esposizione al Fazon. Questi pirati possono mimetizzarsi e sono deboli ai missili.

Lanciafiamme e puzzle: Viene ottenuto un nuovo strumento, il lanciafiamme, che aiuta a risolvere puzzle e ad affrontare i pirati più resistenti. Attraverso vari enigmi, Samus scopre nuove aree segrete.

Zone segrete e sigilli: Il giocatore individua una nuova area nella Foresta, nota per le sue piattaforme invisibili e puzzle complessi. Scopre la necessità di raccogliere i sigilli per proseguire l'avventura.